سریال «شیخ بهایی» داستان زندگانی این دانشمند را در دو بخش روایت می‌کند. در بخش اول نشان داده می‌شود که شیخ بهایی در سن ۱۲ سالگی به خاطر فشار و آزار حاکم وقت، مجبور می‌شود به همراه خانواده‌اش از لبنان به ایران مهاجرت کند و بخش دوم سریال به بررسی یک سال آخر از زندگی شیخ بهایی در اصفهان می‌پردازد.