میسی سیپی، سال ۱۹۶۴٫ سه کارمند دولت – دو سفیدپوست و یک سیاه پوست – که برای ثبت نام رأی دهندگان سیاه پوست به جساپ کانتی می روند، شبانه در جاده ای روستایی به قتل می رسند. دو مأمور FBI، «آلن وارد» (دافو) و «روپرت آندرسن» (هاکمن) – که اهل میسی سیپی است – به جساپ می آیند تا سرنخی از این ماجرا بیایند.