دو سال پس از حوادث فیلم اول جیسون بورن بهمراه دوست دخترش ماری در نقطه دوری در هندوستان زندگی راحتی را سپری می کند . اما آدمکشی که در تعقیب آنهاست قصد نابودی بورن را دارد . در ادامه مشخص می شود که جنایتی در شهر برلین رخ داده و یکی از ماموران سازمان سیا در آن به قتل رسیده و صحنه جنایت طوریست که سازمان گمان می کند قتل توسط بورن انجام شده است . بنابراین سازمان تصمیم به نابودی بورن گرفته است و این در حالیست که بورن هنگام وقوع جنایت در هندوستان بوده است . بورن با این تصور که سیا قصد نابودی اش را دارد وارد عمل شده و مبارزه اش را برای از بین بردن انها آغاز می کند ...