داستان ناسور در دو زمان مختلف، مشروطه و اوایل دوران پهلوی اتفاق می افتد. ملک خاتون که در زمان مشروطه در یک خانه باغ قجری زندگی می کند، مجبور می شود عشق زندگیش را نابود کند. این زخم ناسور مدتها در وجود او باقی می ماند اما سالها بعد در اوایل دوران پهلوی زمانی که پیر شده است با برپایی مجلس زنانه شبیه خوانی یوسف و زلیخا می خواهد زخم وجودش را بازگو کند.