«مارلین» دلقک ماهی قدری کج خیالی است که بی اندازه به پسر جوانش، «نیمو» علاقه دارد. در طبیعت «مارلین» نیست که به کشف آب های ناآشنا بپردازد؛ ولی وقتی در اولین روز مدرسه، او و «نیمو» به طور اتفاقی نزدیک صخره ی آبی بزرگ از هم جدا می افتند، «مارلین» به راه می افتد تا پسرش را پیدا کند...